Nádraží bude i při rekonstrukci fungovat a vlaky na něm budou nadále zastavovat, avšak s dílčími omezeními. Po rekonstrukci bude nejstarší pražské nádraží bezbariérové a nové zastřešení propojí Florenc s Hybernskou ulicí a hlavním nádražím. Z patra povedou eskalátory, schodiště a výtahy na jednotlivá nástupiště. Vznikne rovněž nový vestibul pro čekající cestující. Rekonstrukce čeká také celé kolejiště, veškeré technologie, trakční vedení a napájení.
Masarykovo nádraží je nejstarším železničním nádražím v Praze. První vlak sem slavnostně přijel 20. srpna 1845. Před tím byla na dnešním území města jen konečná stanice koněspřežné dráhy z Lán na Brusce z roku 1831. Nádraží postavilo konsorcium společností Vojtěcha Lanny a bratří Kleinů v letech 1844 až 1845. Polohu nádraží a kolejiště navrhl Jan Perner, budovy architekt Antonín Jüngling. Nádraží vzniklo jako konečná stanice dráhy z Olomouce a Vídně do Prahy.
