Cílem kontroly bylo prověřit činnost ministerstva financí, GFŘ a jednotlivých finančních úřadů týkající se nadměrných odpočtů, a to mezi lety 2019 až 2022. NKÚ prověřoval 80 případů. Kontroloři NKÚ zjistili, že úřady téměř dva roky nerespektovaly nález Ústavního soudu a i po jeho vydání dlouhodobě zadržovaly některým podnikatelům celé částky uplatňovaných nadměrných odpočtů DPH, přestože prověřovaly pouze jejich část, uvedli ve zprávě, kterou má ČTK k dispozici. V důsledku toho GFŘ vynaložilo 909.000 korun na výplatu úroků a nákladů soudního řízení, informoval NKÚ.

Nadměrný odpočet DPH je nárok na vrácení peněz od státu, který vzniká podnikateli v případě, když odpočet daně z nákupů převýší daň z jeho prodejů. Správce zahajuje kontrolu ve chvíli, kdy má pochybnosti o výši nadměrného odpočtu.

Jiný postup v podobě částečného vracení neprověřovaných nadměrných odpočtů tehdejší podoba daňového řádu neumožňovala, reagoval na výsledek kontroly mluvčí GFŘ Tomáš Weiss. Novela daňového řádu s účinností k 1. lednu 2021 přinesla definitivní řešení této problematiky v podobě zavedení nového institutu zálohy na daňový odpočet, který byl okamžitě aplikován v praxi finančních úřadů, a to včetně již probíhajících řízeních, řekl ČTK.

Průměrné roční inkaso DPH před uplatněním nadměrných odpočtů DPH dosáhlo v kontrolovaných letech 817,8 miliardy korun. Průměrné roční uplatněné nadměrné odpočty pak dosahovaly téměř 358 miliard korun. Celkový stav zadržovaných nadměrných odpočtů DPH ke konci jednotlivých let 2019 až 2022 činil v průměru jednu miliardu korun.