Agentura začala fungovat v březnu 2008 jako jeden z odborů úřadu vlády. Přispět má ke zlepšení situace v místech s takzvanými vyloučenými lokalitami. Financuje se hlavně z evropských dotací. Od ledna 2020 spadá pod ministerstvo pro místní rozvoj, kam ji přesunula tehdejší vláda Andreje Babiše (ANO). Experti to kritizovali. Poukazovali na to, že se agenda netýká jen bydlení, ale i zaměstnávání, vzdělávání, bezpečnosti či zdraví.

Vláda bude podle svého programu projednávat návrh institucionálního ukotvení agentury. O jeho přípravě rozhodla loni v květnu. V tiskové zprávě poté uvedla, že z vyhodnocení agenturní činnosti vyplývá, že sociální vyloučení není možné řešit dočasnými projekty a je potřeba se zabývat právní formou agentury, jejími kompetencemi i postavením vůči ministerstvům a samosprávám. Výsledný materiál předkládají ministři pro místní rozvoj Ivan Bartoš (Piráti) a práce Marian Jurečka (KDU-ČSL). Jejich resorty ho nezveřejnily. Podle informací ČTK dokument obsahuje varianty řešení. Jednou z nich by mohlo být i utlumení činnosti.

Vláda projedná i zabezpečení fungování agentury od roku 2025. Agentura je dlouhodobě financována prostřednictvím projektů ze strukturálních fondů, vláda se bude věnovat možnostem financování agentury ze státního rozpočtu. Materiál navrhuje také převedení 46,5 systemizovaných pracovních míst z končícího projektu do státního rozpočtu, uvedla Nová. Případné nové výdaje neupřesnila.

Podle poslední zveřejněné výroční zprávy měla agentura v roce 2021 na hospodaření z rozpočtu 380.000 korun, vyčerpala z toho 25.300 korun. Celkem 77,5 milionu korun získala z fondů EU a 10,1 milionu korun z norských fondů. Stát platil 11 z celkem 106 zaměstnanců a 145 dohodářů.

Agentura podle svého webu působí ve 109 městech a obcích. Využívá takzvaný koordinovaný přístup ve více oblastech. Pomáhá zpracovávat žádosti o evropské dotace, které rozdělují ministerstva práce, místního rozvoje či školství. Podle mluvčí se za poslední čtyři roky s její pomocí zavedlo přes 400 projektů za tři miliardy korun. Agentura sestavuje také index sociálního vyloučení. Obcí s vyloučenými místy, kde žije vysoký podíl lidí s dávkami, v exekucích, bez práce či vzdělání, bylo loni 241. Meziročně jich 50 přibylo. S vážnějšími potížemi se tak potýkala skoro čtyři procenta z celkem 6258 měst a vesnic.

K útlumu agentury se kloní třeba Svaz měst a obcí. Už dřív uváděl, že agentura spolupracuje jen se zlomkem obcí s problémy a řešení vyloučení není systémové a efektivní. Doporučoval peníze přesměrovat do sociální práce.